Il collegio fu voluto da Vilém di Rozmberk, il quale invitò i Gesuiti a Cesky Krumlov nel 1584. Il progetto, affidato a Baldassare Maggi, fu elaborato sulla base delle indicazioni fornite dal rettore del collegio di Praga, padre Alessandro Vojt. La posa della prima pietra avvenne il 19 marzo 1586 e nel dicembre del 1590 si insediarono i Gesuiti; i lavori si protrassero fino al 1592. Alla realizzazione dell'opera partecipò il tagliapietre Antonio Cometta, cognato del Maggi. Dopo la soppressione della Compagnia di Gesù il collegio fu trasformato in caserma dall'architetto Heger; negli anni Ottanta dell'Ottocento si diede mano ai prospetti esterni e nel Novecento il complesso fu più volte ristrutturato internamente.